Le film raconte l'histoire d'Elliott, un petit garçon solitaire qui se lie d'amitié avec un extraterrestre abandonné sur Terre. Avec son frère et sa sœur, Elliott va le recueillir puis l'aider à reprendre contact avec ses congénères, tout en essayant de le garder caché de leur mère et du gouvernement américain.

Une soucoupe volante atterrit en pleine nuit près de Los Angeles. Quelques extraterrestres, envoyés sur Terre en mission d’exploration botanique, sortent de l’engin, mais un des leurs s’aventure au-delà de la clairière où se trouve la navette. Celui-ci se dirige alors vers la ville. C’est sa première découverte de la civilisation humaine. Bientôt traquée par des militaires et abandonnée par les siens, cette petite créature apeurée se nommant E.T. se réfugie dans une résidence de banlieue. Elliot, un garçon de dix ans, le découvre et lui construit un abri dans son armoire. Rapprochés par un échange télépathique, les deux êtres ne tardent pas à devenir amis. Aidé par sa sœur Gertie et son frère aîné Michael, Elliot va alors tenter de garder la présence d'E.T. secrète.